菌渣发酵需要水分含量在50-60%，水分太多会进行无氧发酵产生有毒物质，制作有机肥和栽培基质的时候，会对植株产生毒害，不利于菌渣的有效利用。所以菌渣在夏季汛期堆存和发酵，缩短发酵时间、避开雨水对发酵的影响是发酵成功的关键。
1、场地选择：选择地势较高，或者将低洼地垫高，防止雨水积水的地方进行堆存和发酵。夏季堆存时设顶棚或进行覆盖。
2、菌渣预处理：根据不同的栽培模式分类处理菌渣，覆土栽培的要去除表层的覆土材料，袋（瓶）栽的采用机械或人工脱袋（瓶），然后将菌渣粉碎至粒径2cm以下，混有的硬结块、金属物、塑料膜及布线条等杂物要清除干净。
3、添加发酵菌剂：将粉碎的菌渣摊铺在场地上，将菌剂先与8-10kg物料混匀，然后均匀洒在菌渣表面，加适量水后，使菌渣和菌剂充分混匀，调节含水量至50-60%左右。
4、建堆：建堆时，建成高1-1.5米，宽不小于1.5米，长度不小于10米的长条垛形发酵堆，长度根据原料的多少可以任意调节，上面用草苫子覆盖，保湿保温。
5、发酵和翻堆：一般使用翻抛机或者装载机辅助翻堆。建堆后待温度升至60℃，第一次翻堆以后，每1-3天翻一次堆，随着料堆升温速度减慢，翻堆间隔时间适当延长。总共翻堆5～6次。
6、发酵结束：当距离发酵堆表面30cm处温度接近环境温度、菌渣物料呈深褐色或黑褐色、有轻微菌香味时发酵完成，发酵总时间为15d～35d。发酵结束后摊堆，充分晾排余热及废气，风干后存放。
