影响食用菌因素有：营养物质、酸碱度、温度、水分、氧和二氧化碳、光照以及生物因素。
A、 营养物质
营养物质的利用是通过菌丝分泌木质素酶，
一般地说，真菌在菌丝迅速生长期间，其基质的C/N比高，往往有利于脂肪的合成，在孢子萌发的前期C/N比高，后期低，总得来说：在子实体分化发育阶段，C/N过高则不能形成菌蕾；C/N过低，则又使众多的原基夭折。菌丝生长阶段的C/N约为20:1；子实体分化阶段，C/N约为18:1。
B、 酸碱度
大多数真菌是喜酸性基质的，一般能适应的pH范围为3-8，香菇为4.0-5.4，木耳为5.0-5.4，双孢蘑菇为6.8-7.0，金针菇为5.4-6.0，猴头菇为4.0，草菇为7.5。加入适量磷酸氢二钾等缓冲物质，使培养基的pH得到稳定，在产酸过多时，可添加适量的碳酸钙等
C、 温度
喜低温或低温结实的有金针菇和滑菇；喜高温的有草菇，
关于温度与食用菌生长发育关系点：
a 食用菌的菌丝体较耐低温。b、 菌落在琼脂平板上的最快生长速度的温度，不一定就是生理上最佳温度。C就香菇而言，昼夜温差幅度增大，可以刺激成熟的菌丝体形成原基。
D、 水分和湿度
香菇和金针菇的代料栽培中，培养料的含水量为干料的1.8-2.6 倍，菌丝生长最佳。但在子实体分化发育期，则以水分为干料重量的2.6-3.4 倍为最适宜。
适宜于食用菌生长的培养料含水量约为湿料总重量的60%。相对湿度一般控制在80-90%之间。
E、 氧和二氧化碳
食用菌都是好气性的，对蘑菇及草菇，当CO2浓度超过0.1%时，就对子实体产生毒害作用。当CO2浓度在1000ppm以下时，平菇子实体尚可正常形成，但当其浓度超过1300ppm时，子实体出现畸形。
F、 光照
光照对于食用菌子实体分化和发育关系重大，对菌丝生长几乎没有关系。只有双孢蘑菇和大肥菇可以在完全黑暗的条件下正常生长
