要保持食用菌的新鲜、优质，必须妥善保藏菌种，使灵芝菌株新陈代谢速率减缓，避免菌种衰老死亡，可置菌种在清洁干燥、冷冻、低温、缺氧的环境中保存。现具体介绍以下几种方法：
在外面包一层塑料薄膜或牛皮纸，以防水分蒸发，而后置于冰箱内4℃条件下保存，菌丝在此温度下几乎停止生长而处于“休眠”状态，代谢作用缓慢从而延长保存时间。
保存过程中要注意几点：
1.温度不能太低，否则斜面培养基易脱水结白而冻死菌种。
2.低温保存的菌种，每隔三四个月须转管一次。
3.保存期间要经常检查棉塞是否受潮，否则要及时更换棉塞(无菌棉塞)，以免感染杂菌。
4.对于低温保存较长的菌种，使用前必须先把菌种放在适宜温度下让其“苏醒”，恢复菌丝的生命活力。
该方法简单易行，设备仪器简便，应用范围广，无论科研单位还是栽培生产单位，都可采取低温保存菌种，但由于经常要转接试管，代数过多会退化菌种，且费工费时。
