食用菌菌种退化是由于菌丝体的遗传物质发生了变异而造成的。表现为菌种突然或逐渐丧失原有的生活力、丰产性能或部分子实体的形态改变。菌丝体生长缓慢，在培养基上出现浓密的白色扇形菌落，对环境条件如温度、酸碱度、二氧化碳、氧气、杂菌等抵抗力弱，子实体形成期提前或推后，出菇潮次不明显等现象。
1、保证菌种的纯培养。不用被杂菌污染的菌种，不要用同一食用菌种类的不同菌株混合或近距离相连接培养。
2、严格控制菌种传代次数，减少机械损伤，保证菌种活力。
3、适当低温保存菌种。低温型菌种(如蘑菇、香菇等)在4℃，高温型菌种(如草菇)在16℃下保存，有利于保存菌丝体的活力。
4、避免在单一培养基中多次传代，沿着合理的代次、母种、原种、生产种不同类型的培养基，有利于提高菌种活力和保持优良性状。
5、菌种不宜过长时间使用，超龄菌种会出现老化，而老化与退化是有机相连的，生活力弱的菌种很容易出现退化。
6、菌种要定期进行复壮，在适宜的温度、合适的酸碱度、充足的氧量、适当漫射光、无杂菌培养等条件下进行。
7、每年进行孢子分离，以有性繁殖来发现优良菌株，以组织分离来巩固优良菌株的遗传特性。
