一、预湿不充分。稻草应充分浸泡，以利发酵。浸泡不充分的稻草翻堆时需大量补水，在二次翻堆之前不能补足水分的不但以后很难补足水分，而且还会影响菌丝的生长。
二、翻堆不匀。翻堆时应按“生料放中间，熟料放两边；中间的放两头，两头的放中间”的原则。但很多人翻堆时不遵循上述原则，以致培养料发酵不匀，达不到翻堆的目的。
三、采土不合要求。有些种植户覆土时采用未经消毒处理的菜园土，有的则添加未充分腐熟的牛粪。这样的营养土中带有大量病菌和虫卵，容易引发多种病害，给生产带来损失。
四、覆土时添加尿素。新的种植户容易习惯性地把蘑菇种植和其他作物种植等同起来，覆土时添加尿素，造成氨味过重导致菌丝死亡。
五、喷施“关门水”。在蘑菇种植前期高温时喷施“关门水”会造成高湿环境，引起冒菌丝、结菌被及小菇死亡等现象，后期喷施“关门水”则容易使菌丝退化、早衰。
